בימי הביניים, מסדר הבונים החופשיים היה נרחב מאוד, הוא כלל מוחות מתקדמים ביותר שהובילו את החברה במאה ה -17: אבזם, בייקון, לייבניץ, יאן קומניוס, אנשים עם דם מלכותי. מטרת הבונים החופשיים, על פי הצהרותיהם, היא לשאת ולשמר יתרונות רוחניים לכלל האנושות. כיום, צו זה כולל גם אלפי אנשים. סודות הבונים החופשיים המפורסמים היו סימן ההיכר של קהילה זו.
השינוי באמנת הבונים החופשיים התרחש בשנת 1717 כאשר הבנייה החופשית הפכה ל"ספקולטיבית "(או" פילוסופית "). כל חברי האחווה נצטוו לשמור בסוד מילים, סימנים ולחיצות ידיים מסוימות, עליהם לכבד אותם ולהימנע מהצגתם בפומבי. עם הזמן המסתורין הפך לחלק בלתי נפרד מהכת, ולמרות פרסום סודות רבים בשנת 1730, הבונים החופשיים לא הפסיקו לכבד את אמנתם.
אחד הסודות העיקריים של הבונים החופשיים היה הטקס יוצא הדופן והמורכב מאוד של קבלת חברים חדשים לחברה (אכסניה). מכוסת עיניים הובא ה"הדיוט "למקום מסוים, שם שאר חברי הלשכה כבר התכנסו. כשהוא דורך על השלטים הכתובים (משמעותם נחשפה רק לאחר שהצטרף לפקודה), הוא קורא בחגיגיות את נוסח השבועה. במקרה של בגידה או גילוי סוד, הוא מסגיר את נשמתו לעזאזל נצחי, ואת גופו למוות מחרב האחים. לחבר החדש מוענק סינר עור לבן, סמל לאחוות הבונים, כפפות הגברים ומרית כסף - מעכשיו הוא נקרא "לבנות את מקדש האנושות הגדול".
הטקס יכול היה להיות שונה במקצת עבור אכסניות שונות - שלטים סודיים, מילים סודיות, פסלונים הועברו לחברים שהתקבלו, הם קיבלו קעקועים לפיהם הבונים החופשיים האחרים יכלו לזהות אותם. עוד יותר סודי ומעט לא ידוע היה טקס החניכה לדרגות גבוהות יותר - באופן כללי, היו 33 מדרגות בסולם ההיררכי של הבנייה החופשית.
עקרון מסדר הבונים החופשיים מבוסס על סודיות. הבנייה החופשית המודרנית רואה עצמה חזקה דיה, ולכן אינה רואה צורך בקשירת קשר, אך מודעות כללית אינה יכולה לכסות את העבודה הסודית, הבונים החופשיים הנסתרים. לאחר שנשבע לשתוק בטקס ההצטרפות לאכסניה, חבר הלשכה מחויב מעתה לבצע את כל פקודותיהם של חברים גבוהים יותר.
לתלמיד אין מושג לגבי עבודתו של חבר, שבתורו אינו יודע דבר על מטרותיו ועבודתו של המאסטר. התלמידים מכירים רק כמה מבני הלשכה, השאר אינם ידועים להם. כמו כן, המאסטר מכיר את הממונה המיידי שלו, ואינו מכיר את השאר (אם כי אולי הם גרים בסמוך אליו). מערכת של חברה סודית שכזו פועלת בכל רמות ההיררכיה. צו שניתן מלמעלה מתבצע באופן מרומז ובסתר.
הבונים החופשיים, הנמצאים על המדרגות התחתונות, ממלאים תפקיד של מוציאים להורג בלבד. הסודות העיקריים מוסתרים בראש הפירמידה - רק המומחים והנסיכים של לשכת הבונים החופשיים מכירים אותם. הם לבדם קובעים את המטרות האמיתיות של הצו - ושולטים על כולם. ידע קדוש הוסתר בקפידה מאחרים, עד כי תעלומות רבות של מאות השנים האחרונות כבר אינן אפשריות ללמוד.
