בימי הביניים השתוללו באירופה מגפה, כולרה, דיזנטריה ומגפות אחרות שגבו מיליוני חיים. תפקיד משמעותי בכך מילא הלכלוך, התנאים הלא סניטריים וחוסר היגיינה מוחלט ששלט סביבו.
הליכים היגייניים, שהועלו לפולחן בימי קדם, עם התפשטות הנצרות באירופה, הוכרו כעודף מזיק. טיפול בגוף נחשב לחטא, ומרחצאות היו מזיקים לבריאות, שכן הם הרחיבו וניקו את נקבוביות העור, דבר שעל פי הרעיונות הקיימים אז יביא בהכרח למחלה קשה ואף למוות. מטיפים נוצרים דחקו בצאן לא לשטוף, שכן הניקוי הרוחני הוא עדיף על רחיצת הגוף, שמסיחה את דעתו ממחשבות האל, וחוץ מזה, בדרך זו ניתן היה לשטוף את החסד הקדוש שהתקבל בטבילה. כתוצאה מכך, אנשים לא יכלו להכיר את המים כלל או לא לשטוף במשך שנים, ואפשר לדמיין איזה ריח הגיע מהם.
אנשים מוכתרים ואנשי חצר, אנשי עיר רגילים ותושבי הכפר - לאף אחד לא היה אכפת מההיגיינה האישית ומניקיון הגוף. הכי הרבה שהם יכלו להרשות לעצמם היה לשטוף את הפה ואת הידיים קלות. מלכת איזבלה מקסטיליה הספרדית הייתה גאה ששטפה פעמיים בכל חייה: בלידה וביום חתונתה. המלך הצרפתי לואי ה -14 נחרד מהצורך לשטוף, ולכן הוא גם התרחץ פעמיים בחייו ובאופן בלעדי למטרות רפואיות.
האריסטוקרטים בכל זאת ניסו להיפטר מהלכלוך בעזרת סמרטוט מבושם, ומהריחות הם הרעיפו את הפנים והגוף באבקה ארומטית ונשאו עמם שקיות עשבי תיבול, וגם הושקו בשפע בבושם. בנוסף, אנשים עשירים החליפו לעיתים קרובות תחתונים, שהאמינו שהם סופגים לכלוך ומנקים את הגוף. לעומת זאת, העניים לבשו בגדים מלוכלכים, שכן ככלל היו להם רק סט אחד מהם ויכלו לשטוף אותם, אלא אם כן הם נכנסו לגשם.
גופות לא שטופות משכו חרקים רבים. עם זאת, בימי הביניים, הכינים והפרעושים זכו להערכה רבה, נחשבו לסימני קדושה וכונו "פנינים אלוהיות". יחד עם זאת הם עוררו חרדה רבה ולכן הומצאו כל מיני מלכודות פשפשים. כמו כן, פונקציה זו בוצעה על ידי כלבים קטנים, ארמינים ובעלי חיים אחרים שניתן לראות בידי הנשים המתוארות על בדי הציורים של האמנים מאותה תקופה.
המצב עם השיער היה עצוב: אם הוא לא נשר כתוצאה מהעגבת הנרחבת באותה תקופה, אז, כמובן, הוא לא נשטף, אלא זרוע עליו בנדיבות קמח ואבקה. לכן, בזמן האופנה לתסרוקות גרנדיוזיות, ראשי גבירות החצר התגוררו בצפיפות לא רק בכינים ופרעושים, אלא גם בג'וקים, ולעיתים נמצאו גם קני עכברים.
לא היה מושג לגבי היגיינת הפה בימי הביניים, ולכן עד גיל 30 לאירופי הממוצע לא היו יותר מ 6-7 שיניים או בכלל, והשאר הושפעו ממחלות שונות ונרקבו לאט אבל בטוח.
הצרכים הטבעיים באירופה של ימי הביניים הלכו לכל מקום שיכלו: על גרם המדרגות הראשי של הטירה, על קיר אולם הנשפים, מאדן החלון הפתוח, במרפסת, בפארק, במילה אחת, בכל מקום בו הצורך עוקף. מאוחר יותר הופיעו נספחים על קירות הבתים והטירות, ששימשו כשירותים, אך עיצובם היה כזה שהצואה זרמה לרחובות ולמדרכות. באזורים כפריים התקיימו בריכות בורות למטרה זו.
כאשר נכנסו לשימוש סירים קאמריים, החלו לשפוך את תוכנם מהחלון, בעוד החוק הקבוע להזהיר אנשים העוברים במקום שלוש פעמים על כך, אך תקריות קרו לעיתים קרובות, ועוברי אורח קיבלו "צרות" ישירות על ראשם. בנוכחות אח הוא הוא שקלט את הפסולת של תושבי הבית.
בהתחשב בגישה להיגיינה שהייתה קיימת בימי הביניים, אין זה מפתיע שעד גיל 30-40 האירופאים נראו זקנים ונשים זקופים עם עור מחוספס, מקומט וכיב, שיער אפור דליל ולסת כמעט חסרת שיניים.
