מים קדושים הם מקדש נוצרי גדול, ולכן יחסו של נוצרי כלפיהם צריך להיות יראת כבוד וחסידים. ניתן לקדש מים במקדשים ובמעיינות. לבקשת אנשים, כומר יכול לקדש מים כמעט בכל עת, מכיוון שיש טקס מסוים לכך. הנוצרי צריך לדעת כיצד להשתמש כראוי במים קדושים לצרכיו.
מדענים הוכיחו מדעית שהמים המבורכים משנים מעט את תכונותיהם. לאחר הקידוש המבורך, יש לו סגולות מרפא שהבחינו נוצרים כבר במאות הראשונות.
השימוש הנפוץ ביותר במים קדושים הוא בליעה. ניתן לשתות מים קדושים במחלות ומחלות שונות. יחד עם זאת, יש לדעת כי יש ליטול את המים הקדושים בתפילה ויראה. יש המלצות שמומלץ לשתות מים קדושים על קיבה ריקה. עם זאת, איש אינו אוסר להשתמש במקדש הגדול הזה בשעות הערב, כאשר כבר היו מספר ארוחות.
כשאדם לוקח פרוספורה קדושה, אנטידור או מקדש אחר בבוקר, מומלץ לשתות אותו במים קדושים עם יראת כבוד ותפילה.
יש נוהג להוסיף מים קדושים למזון. זה נעשה לצורך קידוש המזון המבורך. נכון, יש צורך להוסיף כל כך הרבה כדי שלא יפגע במנה עצמה.
בנוסף לעובדה שניתן לשתות מים קדושים במחלה, מומלץ למשוח כתמים כואבים, ולעתים אף לשטוף. במקרה של מחלות במפרקים, ניתן להרטיב תחבושת במים קדושים ולמרוח תחבושת (המלצות כאלה יכולות להינתן על ידי אנשי דת).
לא ניתן לשתות מים קדושים רק לריפוי ולקידוש מבורך כללי, ניתן להשתמש בהם כאשר מוסיפים אותם לאוכל. ישנה מסורת של פיזור בתים ודירות עם מים קדושים. מקדש זה משמש את הכומר לקידוש בית או חפצים אחרים. נוהג הכנסייה אינו אוסר להתיז מים קדושים על בתיהם ודירותיהם, ולכן יש מאמינים שלעתים עושים זאת.
נוצרי צריך לטפל היטב במתנה האלוקית הייחודית הזו ולשמור את המים הקדושים במקום ראוי, למשל, ליד אייקונים.
