הסיבות האמיתיות לשיטפון בקובן, שגבתה כמה מאות הרוגים והרסו אלפי בתים, אינן ידועות. עם זאת, ישנן מספר תיאוריות בנושא זה, הן רשמיות והן "פופולריות".
בלילה של 7 ביולי החל שיטפון בקובאן, שהרס בתים בגלנדז'יק, נובורוסייסק, קרימסק ומספר כפרים. באותו הרגע, כאשר הופיעה האזהרה הראשונה של המשרד למצבי חירום, הניצולים כבר ישבו על גגות הבתים, וקשישים, ילדים ונכים שלא הצליחו להימלט נהרגו. עובדה זו היא שמאפשרת לנו לטעון כי נציגי המשרד למצבי חירום אשמים בחלקם במותם של מאות אנשים, שלא התריעו על האסון בזמן ולא ארגנו את הפינוי.
אומרים כי יותר מדי גשמים הם אחד הגורמים לשיטפונות. על פי ההצהרות הרשמיות, משקעים של חמישה חודשים פגעו בקובאן במהלך יום, וגרמו לנהרות לעלות על גדותיהם ולהציף ערים. קרימסק סבל קשות במיוחד, שם מפלס המים בחלק מהמקומות חרג מהסימן של שלושה מטרים. הנחל היה כה חזק, עד שמכוניות ואפילו משאיות התהפכו על ידי לחץ המים.
גרסה לא רשמית, שאותה פקידים דוחים, היא פריצת הדרך של מאגר נברז'בסקי או פריקה מאורגנת או אוטומטית של מים ממנו. במיוחד הצליחו נציגי ועדת החקירה לקבוע כי המים מהמאגר אכן התנקזו כשהתחיל הגשם העז, אך אי אפשר לומר בוודאות מה בדיוק זה הביא לטרגדיה. ישנן גם שמועות לפיה הניקוז לא היה אוטומטי, אלא מאורגן במיוחד, מכיוון שהפקידים בחרו: להציף את קרימסק או לאפשר מעבר מים בחלקים אחרים של קובאן, כולל האזור בו נמצאת הדאצ'ה של הנשיא פוטין. גרסה זו לא אושרה ולא הופרכה.
ולבסוף, התיאוריה הרשמית אומרת כי השיטפון בקובן נבע מהתפתחות אזורים מועדים לשיטפון. כדי למנוע מהטרגדיה לחזור על עצמה בעתיד, הונחו גוספירודנאדזור, רוזוודרורס ורוזידרומט לנקוט בכל הצעדים הנדרשים. הוחלט על השבת העמדות ההידרולוגיות בהקדם האפשרי, על מנת להבטיח את תפקודן הטוב ביותר של התחנות המטאורולוגיות בקרימסק ובנובורוסייסק, וכן לנקוט צעדים למניעת אסונות טבע חדשים.
