בינואר 2006 הועלה כוח הסיוע הבינלאומי לביטחון (ISAF) לאפגניסטן כדי לסייע לצבא ארה"ב ובריטניה במאבק נגד הטליבאן הצבאי האיסלאמיסטי. ממשלת ארה"ב האשימה את הטאליבן בכך שהוא מחסה את ראש אל-קאעידה, אוסאמה בן לאדן, ודרשה להסגירו. הנהגת הטליבאן סירבה להיענות לדרישה זו ואמרה כי ארצות הברית לא סיפקה עדות לאשמת אוסאמה בהתקפות 9.9.11.
עד סוף 2001, המבנה הצבאי של הטליבאן נהרס כמעט, והתנגדות תומכיו קיבלה צורה של תנועת גרילה. מדינות המערב השקיעו רבות בפיתוח הדמוקרטיה ובמבנה החברתי של אפגניסטן. בשנת 2004 ניצח בחירות הראשונות לנשיאות במדינה חמיד קרזאי, פוליטיקאי הנאמן מספיק למערב. עם זאת, ההתנגדות של תומכי הטאליבן נכשלה בדיכוי. הגרילה נלחמה בעוז למרות העליונות הצבאית המוחצת של חיל האוויר.
צרפת, כמו שאר חברי הברית, ספגה הפסדים בציוד ובכוח האדם. במהלך עשר שנות המלחמה באפגניסטן נהרגו 83 חיילים ונפצעו מספר פעמים יותר. ההחלטה לשתף את צרפת במבצע הצבאי לא הייתה פופולארית במיוחד בקרב האוכלוסייה, והדיווחים על נפגעים בקרב חיילים צרפתים גברו את חוסר שביעות הרצון מהממשלה.
ב- 20 בינואר 2012, במחוז קפיסה, ירה אדם במדי צבא אפגניסטן 4 ופצע 16 חיילים צרפתים. לאחר מכן, ניקולא סרקוזי (נשיא צרפת בין השנים 2007-2012) כי מכיוון שממשלת אפגניסטן אינה יכולה להבטיח את ביטחונם של כוחות צרפת, צרפת משעה את נוכחותה הצבאית במדינה זו. סרקוזי הבטיח לסגת כוחות מאפגניסטן עד תחילת 2014.
בשנת 2012 נבחר פרנסואה הולנד לנשיא צרפת, שהכריז על תוכנית חדשה לסגת מאפגניסטן. 2,000 משרתים יוסרו עד סוף 2012, 1,400 נותרו כמדריכים ושומרים על מתקנים חברתיים. הנשיא הסביר את החלטתו בכך שהסכנה מצד טרוריסטים פחתה, הדמוקרטיה התחזקה ועל המדינה להתפתח באופן עצמאי. ראש הרפובליקה הבטיח כי צרפת תמשיך לתמוך באפגניסטן, אך בצורה אחרת.
